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Nature|生物技術工具箱又添一員!

發(fā)布時間 :2023-04-06 10:22:27

Nature|生物技術工具箱又添一員!(圖1)

純化的 Photorhabdus virulence cassettes(PVCs),透射電子顯微鏡成像

物質(zhì)的跨膜運輸是生命活動中不可或缺的一環(huán),卻也是許多疾病發(fā)生和發(fā)展的罪魁禍首。如何將物質(zhì)安全、高效、特異地輸送到目標細胞,一直是生物技術研究的難點。雖然有病毒 載體、納米粒子、外泌體等多種方法,但它們都存在一定的局限性,如安全性、效率、特異 性、可控性等。因此,開發(fā)一種既針對特定細胞類型,又能夠跨膜輸送選擇性蛋白質(zhì)的工具,成為了一項艱巨的任務。

近日,Nature雜志在線發(fā)表了一篇來自美國麻省理工學院(MIT)和哈佛大學(Harvard) 的合作研究論文,題目為“Programmable protein delivery with a bacterial contractile injection system”。該篇論文主要解決了一項跨膜運輸相關的難題:如何利用細菌的收縮 注射系統(tǒng)來進行可編程的蛋白質(zhì)輸送。

簡而言之:

1. 研究人員利用一種自然的細菌系統(tǒng),開發(fā)了一種新的蛋白質(zhì)遞送方法,可在人類和動 物細胞中發(fā)揮作用。

2. 這項技術可以編程遞送各種蛋白質(zhì)(包括用于基因編輯的蛋白質(zhì)),遞送到不同的細 胞類型中。

3. 這個系統(tǒng)有可能成為遞送基因治療和癌癥治療藥物的一種安全高效的方法。

向自然界學習蛋白質(zhì)輸送方式:收縮注射系統(tǒng) 

自然界中,內(nèi)共生細菌是一類與宿主共生的微生物,它們就像一群“護士”,演化出一 套高效的“輸送系統(tǒng)”--細菌與宿主的生物學接口。共生菌使用類似于注射器的納米級結(jié)構, 向宿主細胞注射蛋白質(zhì),以調(diào)節(jié)周圍的生物學環(huán)境并增強其生存能力。這種外形像細菌鞭毛 的結(jié)構,被稱為胞外收縮注射系統(tǒng)(eCISs),由一個套在里面的硬管和一個能收縮的鞘組成。當它遇到目標細胞時,像一個針頭一樣的鞭子頂端會穿透細胞膜,隨后迫使管內(nèi)的載荷物質(zhì) 直接注入到細胞內(nèi)部,如同一個細胞用的超級小型注射器。

Nature|生物技術工具箱又添一員!(圖2)

胞外收縮注射系統(tǒng)(eCISs)模式圖

而在eCISs頂端的外側(cè),存在另外一種重要結(jié)構--尾纖維,可以識別并鎖定細胞表面上特定受體。先前的研究發(fā)現(xiàn),eCISs可以自然地靶向昆蟲和小鼠細胞,這意味著這些系統(tǒng)可能具有輸送治療性蛋白質(zhì)的潛能。但是,目前還不清楚eCISs是否能夠在人類細胞中發(fā)揮作用,也不清楚這些系統(tǒng)鎖定靶細胞的機制。

Nature|生物技術工具箱又添一員!(圖3)

PVCs(綠色)在注射有效載荷蛋白之前與昆蟲細胞(藍色)結(jié)合

該團隊表示,盡管目前缺乏足夠的證據(jù)表明eCISs可以在人類中發(fā)揮天然功能,但這項技術仍可能為治療癌癥和其他疾病提供一種全新的方法,尤其是那些需要基因治療的疾病。因此,研究人員并沒有局限于尋找天然可識別人細胞的蛋白質(zhì)收縮注射系統(tǒng),而是提出了一種大膽而富有創(chuàng)意的想法:通過重新設計尾纖維并結(jié)合不同的受體,將其改造為適用于人類細胞的蛋白質(zhì)輸送系統(tǒng)。這種利用蛋白質(zhì)工程來改變自然系統(tǒng)的生物活性的嘗試,無疑是 一次令人振奮且有趣的探索。

靶向感興趣的細胞類型

eCISs通過尾纖蛋白的遠端結(jié)合元件對靶受體進行特異性識別,從而實現(xiàn)了對特定類型細胞的靶向選擇和有效的蛋白質(zhì)載荷注射。研究人員利用人工智能工具AlphaFold重新設計了Photorhabdus菌產(chǎn)生的eCISs的尾纖維,使其能夠結(jié)合人類細胞,并創(chuàng)建了一種基于這種寄生性細菌胞外注射系統(tǒng)的可編程注射器——Photorhabdus virulence cassettes (PVCs)。這種裝置包含一個空心針,可攜帶荷物并刺穿目標細胞。針通過收縮機制物理強迫 穿過靶向細胞膜并伸入細胞內(nèi)部。

通過對尾纖維使用體外結(jié)構引導工程的方法,研究人員能夠重新編程 PVCs,使其能夠靶向系統(tǒng)原本不靶向的生物,包括人類和小鼠,而且在特定條件下效率接近100%。這意味著,通過重新設計尾纖維,研究人員可以改變這種系統(tǒng)的靶向細胞類型,從而為治療癌癥和其他疾病提供了一種新的方法。這項創(chuàng)新研究讓人們看到了蛋白質(zhì)工程的巨大潛力,同時也為開發(fā)更有效的藥物輸送系統(tǒng)打開了新的大門。

Nature|生物技術工具箱又添一員!(圖4)

通過重新編程PVCs進行蛋白質(zhì)輸送的模式圖

跨膜運輸選擇性蛋白質(zhì) 

科學家們通過重新設計蛋白質(zhì)復合物的一部分結(jié)構,成功地改進了注射器的輸送能力。他們制造了一種針對表達 EGF 受體的癌細胞的 eCISs,結(jié)果表明這種注射器能夠幾乎 100% 地殺死含有 EGF受體的癌細胞,而對沒有該受體的細胞則沒有影響。雖然注射器的效率在一定程度上取決于所靶向的受體,但這些發(fā)現(xiàn)證明了通過精密的重新編程,該系統(tǒng)將具有巨大 的腫瘤精準治療潛力。這個創(chuàng)新性的設計為腫瘤治療提供了一種更加準確和有效的方法。

Nature|生物技術工具箱又添一員!(圖5)

重新編程的 PVCs 與癌細胞結(jié)合,透射電子顯微鏡成像

Nature|生物技術工具箱又添一員!(圖6)

被 PVCs 殺死的癌細胞,掃描電子顯微鏡成像 
研究人員使用eCISs技術成功地將蛋白質(zhì)輸送到了活體小鼠的大腦中,而且沒有檢測到因細胞損傷引起的免疫反應,這為eCISs系統(tǒng)將來能安全地用于腫瘤治療及基因治療打下了堅實的基礎。

Nature|生物技術工具箱又添一員!(圖7)

重編程 PVC 以實現(xiàn)對小鼠的靶向遞送
除此之外,eCISs系統(tǒng)還展現(xiàn)了非常靈活的特性,能夠成功地輸送各種不同貨物,包括堿基編輯蛋白質(zhì)、對癌細胞具有毒性的蛋白質(zhì)以及Cas9(在基因編輯系統(tǒng)中廣泛使用)等物質(zhì)。更令人興奮的是,這些物質(zhì)運輸?shù)饺祟惣毎腥匀荒軌虮3忠欢ǖ墓δ芎突钚浴?/span>
在未來,科學家們有望通過改造eCISs系統(tǒng)的其他組件,來調(diào)整其它特性或用于輸送其他的生物物質(zhì)材料,比如DNA或RNA等。這一創(chuàng)新性的技術在基因治療領域具有廣闊的應用前景,將為治療癌癥等疾病帶來更加精準和有效的解決方案。

結(jié)論

筆者認為治療分子的輸送一直以來是醫(yī)學領域的一個重大瓶頸,科學家們利用了細菌天然存在的分子輸送系統(tǒng),通過人工方法重新設計尾纖維,使得它可以有效地定位到人類細胞上,并攜帶所需的蛋白質(zhì),是這項研究的歷史性突破。其重要性在于,它提供了一種分子輸送的新平臺,可以將如今研發(fā)出的一些強大的新療法更準確地輸送到體內(nèi)正確的細胞中。這將會對疾病的基因治療及癌癥治療產(chǎn)生巨大影響,推動相關領域進一步發(fā)展。
與此同時,這項新技術也將成為生物技術工具箱的重要一員,為生命科學研究以及醫(yī)學研究領域提供了一個新穎且實用的工具,它的可編程、可定制化為多種生物醫(yī)學應用打開了新的大門。
雖然這項成果讓人感到興奮,但我們也需要深入思考它的局限性。
首先,這種系統(tǒng)目前僅在實驗室環(huán)境中進行了測試,因此它在臨床應用中的安全性和有效性仍然需要進一步研究。其次,這種系統(tǒng)目前僅能夠靶向特定類型的細胞。雖然研究人員已經(jīng)展示了這種系統(tǒng)可以被重新編程以靶向人類細胞和小鼠,但它是否能夠靶向其他類型的細胞仍是未知數(shù)。此外,這種系統(tǒng)目前僅能夠裝載特定類型的蛋白質(zhì)有效載荷。雖然研究人員已經(jīng)展示了這種系統(tǒng)可以裝載各種蛋白質(zhì)有效載荷,包括Cas9、堿基編輯器和毒素等, 并能夠?qū)⑵涑晒斔偷饺祟惣毎邪l(fā)揮功能,但它是否能夠裝載其他類型的蛋白質(zhì)有效載荷仍然未知。
總之,這種來自細菌的收縮注射系統(tǒng)是一種令人興奮的新技術,它為蛋白質(zhì)輸送提供了一種新的方法,且具有廣闊的應用前景。然而,它也有一些局限性,需要進一步研究才能更好地理解它的潛在應用。


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