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隨著技術(shù)的不斷發(fā)展和數(shù)據(jù)的持續(xù)積累,人工智能在生命科學(xué)領(lǐng)域發(fā)揮越來越重要的作用。目前,人工智能已經(jīng)應(yīng)用于分子、細(xì)胞、系統(tǒng)和個體等多層面的生命系統(tǒng)研究,為科研人員提供了強(qiáng)大的工具和方法,提高了研究效率和準(zhǔn)確性;同時,也為生命健康、動物科學(xué)、工業(yè)科學(xué)和農(nóng)業(yè)科學(xué)等領(lǐng)域提供了新的解決方案。本文旨在探討人工智能驅(qū)動生命科學(xué)研究的發(fā)展態(tài)勢,重點介紹近年來人工智能在生命科學(xué)領(lǐng)域的最新進(jìn)展,分析其在生命科學(xué)研究中面臨的機(jī)遇和挑戰(zhàn),并提出相關(guān)建議。
李丹丹1,馬征遠(yuǎn)1,張博文1,江 源1,馮心宜2,史 彤3,毛開云1*
(1 中國科學(xué)院上海生命科學(xué)信息中心,中國科學(xué)院上海營養(yǎng)與健康研究所,上海 200031;2 上海生物醫(yī)藥公共技術(shù)服務(wù)有限公司,上海 201203;3 上海市生物醫(yī)藥科技發(fā)展中心,上海 201203)
在生命科學(xué)的演進(jìn)過程中,具有歷史性意義的突破往往源于不同學(xué)科之間的交叉與深度融合。這種跨學(xué)科的交匯為生命科學(xué)注入了全新的研究視角,豐富了其知識體系,并推動了研究工具的創(chuàng)新。這不僅在理論上拓展了學(xué)科邊界,更在實踐中為人類提供了更加深入認(rèn)識和理解生命現(xiàn)象的新途徑。當(dāng)前,人工智能作為前沿技術(shù)的突破,為生命科學(xué)研究帶來了新工具、新技術(shù)和新方法。這些新方法使得生命科學(xué)研究不再局限于傳統(tǒng)的實驗方法和數(shù)據(jù)分析,而是能夠借助人工智能的高效性和精準(zhǔn)性,對海量的生命數(shù)據(jù)進(jìn)行分析和挖掘,從而更深入地揭示生命的奧秘。同時,人工智能的運(yùn)用也驅(qū)動著生命科學(xué)研究范式的變革,使得“數(shù)據(jù)驅(qū)動”和“假說驅(qū)動”得以實現(xiàn)更深程度融合,提高了研究的效率和準(zhǔn)確性。
自2023 年以來,人工智能在生命科學(xué)研究領(lǐng)域的驅(qū)動作用得到了越來越多的重視。隨著科技的不斷進(jìn)步,人們對生命的本質(zhì)和規(guī)律有了更深入的認(rèn)識,而人工智能在其中扮演了重要角色。通過大數(shù)據(jù)分析和機(jī)器學(xué)習(xí)等技術(shù),人工智能能夠幫助科研人員從海量的生命科學(xué)數(shù)據(jù)中提取有價值的信息,加速研究進(jìn)程并提高研究效率。同時,人工智能還可以通過模擬實驗和預(yù)測分析等方式,為生命科學(xué)研究提供更加準(zhǔn)確和可靠的實驗結(jié)果和數(shù)據(jù)支持。人工智能技術(shù)的運(yùn)用,已經(jīng)越來越深入滲透至生命科學(xué)的方方面面。
1 人工智能與生命科學(xué)的交匯
透過生命科學(xué)的發(fā)展歷程,可以清晰地看到交叉技術(shù)所扮演的重要驅(qū)動角色。在18 世紀(jì),光學(xué)技術(shù)的突破使得人類能夠首次觀察到生物的微觀組織,從而打開了生命科學(xué)探索的新篇章。到了19世紀(jì),化學(xué)技術(shù)的進(jìn)步讓人類能夠更深入地理解生物的物質(zhì)組成,為后續(xù)的生命科學(xué)研究提供了寶貴的理論基礎(chǔ)。進(jìn)入20 世紀(jì),成像技術(shù)的崛起使得人類能夠觀察到DNA 的雙螺旋結(jié)構(gòu),這一發(fā)現(xiàn)無疑為生命科學(xué)領(lǐng)域帶來了前所未有的突破。進(jìn)入20世紀(jì)末,納米技術(shù)的興起使得基因測序、基因合成等技術(shù)逐步發(fā)展,從而為未來的生命科學(xué)研究開辟了新的方向。如今,人工智能作為前沿技術(shù)領(lǐng)域的代表,與生命科學(xué)這一前沿學(xué)科的交匯,正在引領(lǐng)一場新的科技革命。這種跨學(xué)科的融合創(chuàng)新,為人類社會的發(fā)展帶來了無限的可能性[1]。
1.1 生命現(xiàn)象復(fù)雜性及其對新工具的需求
生命現(xiàn)象,作為一種獨特存在,其復(fù)雜性和多樣性令人驚嘆。從分子層面到細(xì)胞、組織、器官、個體、種群、生態(tài)系統(tǒng),甚至到地球生物圈,每個層級都相互關(guān)聯(lián)但又展現(xiàn)出獨特的規(guī)律。這種多層級的特性為研究者提供了豐富的探索空間,也為研究者帶來了巨大的挑戰(zhàn)。
生命現(xiàn)象的分子層面是其存在的基礎(chǔ)。分子層面的生命現(xiàn)象包括生物大分子的合成、降解,以及分子間的相互作用。這些相互作用形成了生命的基石,為生命的進(jìn)一步發(fā)展奠定了基礎(chǔ)。細(xì)胞層面則是生命現(xiàn)象的核心,細(xì)胞的生長、分裂、死亡等過程都是生命現(xiàn)象的重要組成部分。組織、器官、個體這三個層次則是生命現(xiàn)象在組織結(jié)構(gòu)和功能上的體現(xiàn),它們相互協(xié)作,共同完成生命的各種生理功能。在個體層面,生命現(xiàn)象表現(xiàn)為生長、發(fā)育、進(jìn)化等過程。生長是生物體體積和質(zhì)量的增加,發(fā)育是生物體從出生到成熟的過程,進(jìn)化則是生物種群在長時間內(nèi)逐漸演變的過程。這三個過程相互交織,共同構(gòu)成了個體層面的生命現(xiàn)象。種群層面則是研究生物個體在群體中的分布、數(shù)量、相互關(guān)系等現(xiàn)象,生態(tài)系統(tǒng)層面涉及生物與環(huán)境的關(guān)系,包括生物群落、物種多樣性、生態(tài)位等,是生命現(xiàn)象在自然環(huán)境中的體現(xiàn)。地球生物圈則是所有生物與其生存環(huán)境相互作用的整體,它是生命現(xiàn)象的最大尺度,也是最為復(fù)雜的部分。
生命現(xiàn)象的復(fù)雜性不僅體現(xiàn)在其多層級、跨尺度的特征上,還表現(xiàn)在其多樣性的表現(xiàn)形式。生命現(xiàn)象的多樣性包括生物體的形態(tài)、生理功能、行為習(xí)慣等,這些多樣性在進(jìn)化過程中逐漸形成,是生物適應(yīng)環(huán)境的結(jié)果。這種多樣性使得生命科學(xué)研究充滿了挑戰(zhàn),需要在不同層面上進(jìn)行深入探討。生命現(xiàn)象的復(fù)雜還體現(xiàn)在其多維度特征上。生命不僅僅是生物體的存在,還包括了生長、發(fā)育、進(jìn)化、生態(tài)、生理、心理等多個方面。要在這些多維度上全面探討生命的規(guī)律,就必須具備對多個學(xué)科的了解和掌握,才能更深入地理解生命的本質(zhì)和奧秘[2]。
理解生命現(xiàn)象的復(fù)雜性,就離不開大規(guī)模、多維度、異質(zhì)化的數(shù)據(jù)解析。從分子、細(xì)胞到整個生態(tài)系統(tǒng),生命科學(xué)所涉及的層次豐富多樣,每個層次都形成了龐大的數(shù)據(jù)網(wǎng)絡(luò)。這種多層次的數(shù)據(jù)產(chǎn)生于對生命現(xiàn)象全面深入研究的需要,但也帶來了海量而復(fù)雜的數(shù)據(jù)集。各種高通量技術(shù)的應(yīng)用,如基因組測序、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)解析、細(xì)胞代謝通路分析,能夠以前所未有的深度和廣度了解生物系統(tǒng)的運(yùn)作。面對如此龐大的數(shù)據(jù)集,生命科學(xué)研究者需要運(yùn)用人工智能技術(shù)對其進(jìn)行處理和解析。由此,研究者能夠從海量數(shù)據(jù)中提取有價值的信息,揭示生命現(xiàn)象的模式和規(guī)律,推動生命科學(xué)的進(jìn)一步發(fā)展。在更深入地理解生命現(xiàn)象的過程中,專業(yè)技術(shù)和工具的應(yīng)用將成為不可或缺的一部分。這些技術(shù)和工具不僅使研究者能夠更好地處理和分析數(shù)據(jù),還能夠更全面、更深刻地揭示生命的奧秘[3]。
1.2 人工智能驅(qū)動的生命科學(xué)研究能力提升
生命現(xiàn)象的多樣性和復(fù)雜性使得研究生命科學(xué)變得極具挑戰(zhàn)性。人工智能驅(qū)動生命科學(xué)研究發(fā)展的底層邏輯,是通過對大量數(shù)據(jù)的分析、處理、挖掘和應(yīng)用,為生命科學(xué)研究提供更高效、更精準(zhǔn)、更自動化的工具和方法,幫助科學(xué)家們更深入地了解生命的本質(zhì)和規(guī)律,加速生命科學(xué)研究的進(jìn)程。
人工智能可以幫助快速處理海量的、多維度的生命科學(xué)數(shù)據(jù)。生命科學(xué)數(shù)據(jù)往往具有高度復(fù)雜性和多樣性,其中蘊(yùn)含著許多隱藏的模式。人工智能通過深度學(xué)習(xí)、機(jī)器學(xué)習(xí)等技術(shù),能夠自動識別數(shù)據(jù)中的關(guān)聯(lián)性,提取有價值的信息。這為科學(xué)家們提供了重要的線索和知識,幫助他們更深入地理解生命現(xiàn)象的本質(zhì),發(fā)現(xiàn)其中的規(guī)律和特征。人工智能的應(yīng)用不僅僅局限于數(shù)據(jù)的處理,它還能夠為科學(xué)家們提供新的研究思路和方法。通過分析數(shù)據(jù),人工智能可以生成預(yù)測模型、推斷潛在關(guān)系,甚至發(fā)現(xiàn)科學(xué)家們可能忽略的關(guān)鍵因素,提高跨層級、多尺度、全周期的生命現(xiàn)象特征預(yù)測和分類的準(zhǔn)確性和效率。人工智能還可以通過自動化實驗和智能儀器等手段,實現(xiàn)實驗過程的自動化和智能化。這不僅可以提高實驗和準(zhǔn)確性,還可以顯著縮短實驗時間,為生命科學(xué)研究提供更好的條件和支持。
因而,人工智能還可以幫助科學(xué)家們更好地理解和模擬生命過程和生態(tài)系統(tǒng)。利用人工智能的原理和手段來研究生命系統(tǒng)的基本規(guī)律,動態(tài)整合多層面與多因素,從而真正理解生命現(xiàn)象中的分子間相互作用與相互調(diào)控的規(guī)律,解決生命科學(xué)中的重大基本問題,全面提升生物學(xué)研究的高度,革新生物學(xué)研究的現(xiàn)有范式,拓展生物學(xué)研究的范圍,實現(xiàn)生命科學(xué)和醫(yī)學(xué)科學(xué)關(guān)鍵領(lǐng)域的實質(zhì)性突破。
1.3 人工智能驅(qū)動的生命科學(xué)研究范式變革
歷史上,生命科學(xué)的研究以假說驅(qū)動為主,這種研究方法主要是在理論指導(dǎo)下,根據(jù)已有的知識和觀察到的現(xiàn)象提出假設(shè),然后通過實驗和數(shù)據(jù)分析來驗證或推翻假說,從而推動理論的完善和發(fā)展。然而,這種方法往往受到研究者和現(xiàn)有知識的局限,假設(shè)可能無法涵蓋所有可能的因素。21 世紀(jì)以來,隨著數(shù)據(jù)量的不斷增加和數(shù)據(jù)獲取技術(shù)的進(jìn)步,數(shù)據(jù)驅(qū)動的研究方法逐漸受到重視。這種研究方法以實驗數(shù)據(jù)為基礎(chǔ),通過數(shù)據(jù)分析、挖掘和建模等手段來發(fā)現(xiàn)規(guī)律、驗證假設(shè)和指導(dǎo)研究。相比傳統(tǒng)的假說驅(qū)動方法,數(shù)據(jù)驅(qū)動方法能夠發(fā)現(xiàn)隱含在大量數(shù)據(jù)中的規(guī)律,但缺乏對數(shù)據(jù)背后的因果關(guān)系的解釋[4]。
人工智能的引入為生命科學(xué)研究帶來了前所未有的機(jī)遇,其強(qiáng)大的計算能力和學(xué)習(xí)算法使得研究人員能夠更全面、更深入地理解生物體系的運(yùn)作機(jī)制。人工智能在生命科學(xué)研究中的應(yīng)用主要體現(xiàn)在數(shù)據(jù)挖掘、分析和建模等方面。通過深度學(xué)習(xí)、自然語言處理等技術(shù),人工智能能夠從海量數(shù)據(jù)中提取有用信息,挖掘潛在規(guī)律,為研究者提供更多有價值的研究方向。同時,人工智能還能夠根據(jù)現(xiàn)有數(shù)據(jù)和理論模型生成預(yù)測模型,幫助研究者預(yù)測未來趨勢,從而指導(dǎo)實驗設(shè)計和數(shù)據(jù)分析。在人工智能的助力下,數(shù)據(jù)驅(qū)動和假說驅(qū)動得以在一定程度上融合。研究者可以根據(jù)人工智能提供的數(shù)據(jù)分析結(jié)果,修正和完善假設(shè),使得研究更加接近真實情況。這種融合使得生命科學(xué)研究能夠更加高效地進(jìn)行,有望為人類解鎖生命奧秘提供有力支持[5]。
2 人工智能驅(qū)動的生命科學(xué)研究進(jìn)展
人工智能在生命科學(xué)中的應(yīng)用已經(jīng)深入到了多個層面,從分子、細(xì)胞、系統(tǒng)到個體,為研究人員提供了強(qiáng)大的工具和方法。在分子層面,人工智能有助于解析和理解復(fù)雜的生物分子結(jié)構(gòu),預(yù)測分子的性質(zhì)和功能,以及設(shè)計新的分子結(jié)構(gòu),為藥物研發(fā)、基因編輯等領(lǐng)域提供了重要支持。在細(xì)胞層面,人工智能有助于分析細(xì)胞的功能和行為,揭示細(xì)胞之間的相互作用和調(diào)控機(jī)制,以及預(yù)測細(xì)胞對不同刺激的響應(yīng),為疾病診斷和治療、細(xì)胞工程等領(lǐng)域提供了重要思路和方法。在系統(tǒng)層面,人工智能有助于解析生物系統(tǒng)的復(fù)雜性和整體性,揭示系統(tǒng)內(nèi)部的相互作用和調(diào)控機(jī)制,以及預(yù)測系統(tǒng)的行為和變化,為生態(tài)學(xué)、醫(yī)學(xué)等領(lǐng)域提供了新的視角和工具。在機(jī)體層面,人工智能有助于分析和理解個體的生理和行為特征,預(yù)測個體的健康狀況和發(fā)展趨勢,以及提供個性化的健康管理和治療方案,為精準(zhǔn)醫(yī)療、健康管理等領(lǐng)域提供了重要手段和支持。
2.1 分子層面
人工智能通過運(yùn)用機(jī)器學(xué)習(xí)和深度學(xué)習(xí)模型,對生物分子間的相互作用和調(diào)控規(guī)律進(jìn)行了深入解析,近年來在蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測、藥物發(fā)現(xiàn)等領(lǐng)域取得了顯著進(jìn)展,其中以AIphaFold 模型為典型代表。2021 年,DeepMind 推出的基于深度學(xué)習(xí)的AIphaFold2算法能夠預(yù)測98.5% 的人類蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)[6]。這一突破性成果被認(rèn)為是僅次于人類基因組計劃的重大成就,將為藥物研發(fā)等領(lǐng)域提供有力支持[7]。2023年10 月,Deepmind 和Isomorphic Labs 聯(lián)合發(fā)布了新一代AlphaFold 模型,這一模型能夠預(yù)測幾乎所有分子的結(jié)構(gòu),并且預(yù)測精度可達(dá)到原子級別。這一突破性的模型不僅為配體、蛋白質(zhì)、核酸、具有翻譯后修飾的生物大分子等多個關(guān)鍵生物大分子類別提供了全新的認(rèn)識,而且顯著提高了預(yù)測蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的準(zhǔn)確性[8]。但生物大分子結(jié)構(gòu)的最基本特征之一是高度動態(tài)性,而現(xiàn)有的方法只能做到對三維靜態(tài)結(jié)構(gòu)的解析。未來,利用人工智能的原理和方法可以在“高維”動態(tài)結(jié)構(gòu)預(yù)測和RNA 結(jié)構(gòu)的精準(zhǔn)預(yù)測方面做進(jìn)一步探索[9]。
2.2 細(xì)胞層面
人工智能技術(shù)不僅可以更加深入地理解細(xì)胞結(jié)構(gòu)和功能,還可以模擬細(xì)胞內(nèi)的生物過程,如信號傳導(dǎo)、代謝途徑等,以及預(yù)測細(xì)胞行為和響應(yīng),幫助理解疾病的發(fā)生機(jī)制以及治療方法?;谌斯ぶ悄艿膱D像分析技術(shù)具有廣泛的應(yīng)用前景,主要優(yōu)勢在于能夠檢測并識別隱藏在細(xì)胞圖像中的固有細(xì)胞特性[10]。例如,谷歌研究院等團(tuán)隊結(jié)合人工智能和機(jī)器自動化技術(shù)提出了一種方法,能從帕金森病患者的皮膚中找到隱藏的疾病細(xì)胞特征[11] ;麻省理工學(xué)院研究團(tuán)隊基于明視野顯微鏡圖像,以單細(xì)胞分辨率直接識別瘧疾感染血液樣本中的細(xì)胞種類和階段[12] ;中國科學(xué)院研究團(tuán)隊基于用于細(xì)胞表型篩選的人工智能輔助對象檢測模型和用于單細(xì)胞輸出的跨界面接觸方法, 開發(fā)了一種名為 EasySort AUTO 的基于索引的自動化系統(tǒng),可以自動識別和分選單個細(xì)胞[13]。在理解細(xì)胞結(jié)構(gòu)和功能方面,滑鐵盧大學(xué)的研究人員開發(fā)了一種新程序GraphNovo,其利用機(jī)器學(xué)習(xí)來分析不熟悉的細(xì)胞的組成,從而更準(zhǔn)確了解細(xì)胞中的肽序列[14]。在調(diào)節(jié)細(xì)胞代謝網(wǎng)絡(luò)方面,上海交通大學(xué)團(tuán)隊通過感知基因的高階相互作用來實現(xiàn)對細(xì)胞代謝的控制和改造,并開發(fā)了一個智能代謝重編程平臺[15]。另外,側(cè)重機(jī)理的數(shù)字細(xì)胞模型與數(shù)據(jù)驅(qū)動的人工智能模型的結(jié)合是一個值得關(guān)注的發(fā)展趨勢,這種方法能更好地推動人們對復(fù)雜生命現(xiàn)象的理解,實現(xiàn)更高效的人工細(xì)胞合成和改造[16]。例如,查爾姆斯理工大學(xué)的研究團(tuán)隊開發(fā)了一種名為DLKcat 的深度學(xué)習(xí)方法,其僅通過底物結(jié)構(gòu)和蛋白質(zhì)序列信息即可對任何生物體代謝網(wǎng)絡(luò)中的酶進(jìn)行高通量的Kcat 預(yù)測,提高了代謝網(wǎng)絡(luò)中酶動力學(xué)參數(shù)的覆蓋度,為酶約束代謝網(wǎng)絡(luò)模型的構(gòu)建提供了有力支持[17]。
2.3 系統(tǒng)層面
生物系統(tǒng)的復(fù)雜性使得對其行為的解讀和對其干擾或干預(yù)的預(yù)測極具挑戰(zhàn)性。為應(yīng)對這一挑戰(zhàn),研究人員需要整合和分析多種來源的數(shù)據(jù),包括但不限于基因組學(xué)、轉(zhuǎn)錄組學(xué)、蛋白質(zhì)組學(xué)和代謝組學(xué)等,旨在構(gòu)建全面的生物系統(tǒng)模型。借助人工智能技術(shù),對大規(guī)模且復(fù)雜的生物數(shù)據(jù)集進(jìn)行處理和分析,有助于更深入地理解生物系統(tǒng)的運(yùn)作機(jī)制等[18]。近年來,使用人工神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)、機(jī)器學(xué)習(xí)和深度學(xué)習(xí)對復(fù)雜層次生物網(wǎng)絡(luò)進(jìn)行建模取得實質(zhì)性進(jìn)步。例如,中國科學(xué)院自動化所研究團(tuán)隊提出一種受生物腦啟發(fā)的神經(jīng)環(huán)路演化模型,研發(fā)出更具生物合理性和高效性的類腦脈沖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)[19]。目前,人工智能已逐漸成為結(jié)構(gòu)系統(tǒng)生物學(xué)不可或缺的工具,用于分析大型復(fù)雜數(shù)據(jù)集并模擬生物系統(tǒng)的行為。特別是在蛋白質(zhì)- 蛋白質(zhì)相互作用網(wǎng)絡(luò)的研究中,人工智能發(fā)揮著關(guān)鍵作用。例如,這些網(wǎng)絡(luò)可以通過圖神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)和其他數(shù)學(xué)方法進(jìn)行分析,從而揭示其基本特征,如中心性、模塊化等[20]。
2.4 機(jī)體層面
人工智能可以利用大規(guī)模的個體數(shù)據(jù),如基因組數(shù)據(jù)、臨床數(shù)據(jù)等,進(jìn)行個性化醫(yī)學(xué)研究。例如,上海交通大學(xué)團(tuán)隊基于真實世界用藥大數(shù)據(jù)研發(fā)出iPharma 個體化精準(zhǔn)用藥系統(tǒng),實現(xiàn)個體化用藥指導(dǎo)[21]。陸軍軍醫(yī)大學(xué)第一附屬醫(yī)院研究團(tuán)隊基于人工智能技術(shù)開發(fā)了個體化精準(zhǔn)用藥系統(tǒng),不僅降低了報告差錯率和患者對藥物不良反應(yīng)的比例,還提升了藥師的工作效率[22]。另外,人工智能在精準(zhǔn)化、個性化健康管理中也發(fā)揮著重要作用。有研究表明,通過智能計算方法多維度監(jiān)測運(yùn)動方式,可以發(fā)現(xiàn)與肌肉骨骼或認(rèn)知疾病、跌倒和平衡相關(guān)的問題。例如,早期帕金森病患者在行走過程中可能會面臨啟動、停止和轉(zhuǎn)向困難等問題,而通過人工智能技術(shù)收集和分析這些數(shù)據(jù)資料,可以為慢性病的早期診斷和干預(yù)提供更加精準(zhǔn)化的個人健康管理方案[23]。
3 人工智能驅(qū)動的生命科學(xué)研究機(jī)遇與挑戰(zhàn)
人工智能在生命科學(xué)領(lǐng)域的應(yīng)用為科學(xué)研究帶來了前所未有的機(jī)遇和挑戰(zhàn)。目前,人工智能正被應(yīng)用于生命組學(xué)研究、蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測、生物圖像處理、藥物發(fā)現(xiàn)、生物育種、生物制造等多個領(lǐng)域。在醫(yī)療領(lǐng)域,人工智能使得更精確的診斷和更具成本效益的治療成為可能。在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域,人工智能技術(shù)可應(yīng)用于精確種植、減少資源浪費和提高產(chǎn)量。在工業(yè)生物領(lǐng)域,人工智能可以修改生命系統(tǒng)代謝途徑,從而優(yōu)化微生物物種的工業(yè)菌株,以最大限度地提高生物基工業(yè)裝置的產(chǎn)量[24]。
盡管人工智能技術(shù)在生命科學(xué)、醫(yī)療保健、農(nóng)業(yè)和工業(yè)生物技術(shù)領(lǐng)域具有巨大的潛力,但在實際應(yīng)用中仍然面臨一些挑戰(zhàn)。這些挑戰(zhàn)包括數(shù)據(jù)整合與分析的復(fù)雜性、數(shù)據(jù)隱私和倫理問題、算法的透明度和可解釋性、數(shù)據(jù)質(zhì)量和標(biāo)準(zhǔn)化問題等。例如,在醫(yī)療領(lǐng)域,一些基于人工智能的模型在臨床診斷和預(yù)測方面的準(zhǔn)確性還存在問題[25] ;在農(nóng)業(yè)領(lǐng)域,收集、分析和利用數(shù)據(jù)來提高生產(chǎn)力存在許多障礙,隱私與安全問題是農(nóng)民在數(shù)字化時代所面臨的兩大挑戰(zhàn)[26] ;在工業(yè)生物技術(shù)領(lǐng)域,還需要更廣泛的數(shù)據(jù)集和相關(guān)研究來開發(fā)基于人工智能和機(jī)器學(xué)習(xí)的模型,以實時監(jiān)測和控制生物反應(yīng)器和生物過程[27]。盡管存在這些挑戰(zhàn),但合理應(yīng)用人工智能技術(shù)仍然可以推動生命科學(xué)領(lǐng)域的創(chuàng)新和突破,為人類的健康和福祉做出更大的貢獻(xiàn)。因此,應(yīng)當(dāng)積極面對這些挑戰(zhàn),通過跨學(xué)科的合作和創(chuàng)新的方法來推動人工智能技術(shù)在生命科學(xué)領(lǐng)域的發(fā)展和應(yīng)用。
4 促進(jìn)人工智能驅(qū)動生命科學(xué)研究發(fā)展的建議
人工智能的引入為生命科學(xué)研究提供了前所未有的機(jī)遇,為更好地促進(jìn)人工智能驅(qū)動的生命科學(xué)研究,建議從以下方面著手。
首先,跨學(xué)科合作是推動人工智能在生命科學(xué)研究中應(yīng)用的關(guān)鍵。建議建立有助于跨學(xué)科交叉融合的人才培養(yǎng)和交叉研究體系,使生物學(xué)、計算機(jī)科學(xué)、工程學(xué)等領(lǐng)域的專業(yè)人才更加深入地合作。通過推動多領(lǐng)域?qū)I(yè)人才的互通有無,不僅可以更好地解決生命科學(xué)問題,還能夠促使新的理論和方法的涌現(xiàn)。此外,應(yīng)加強(qiáng)對科學(xué)家和工程師的培訓(xùn),使其具備跨學(xué)科背景和知識,更好地理解和應(yīng)用人工智能技術(shù)??茖W(xué)家需要不僅了解自己領(lǐng)域的知識,還需要具備計算機(jī)科學(xué)等相關(guān)領(lǐng)域的基礎(chǔ)知識。培訓(xùn)計劃應(yīng)該貫穿研究生到職業(yè)科學(xué)家的全過程,確保新一代科學(xué)家具備更全面的學(xué)科素養(yǎng)。
其次,推動數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn)化是提高數(shù)據(jù)質(zhì)量和可比性的有效途徑。生命科學(xué)領(lǐng)域的數(shù)據(jù)來源復(fù)雜,來自不同實驗室和項目的數(shù)據(jù)差異較大。因此,建議制定更為統(tǒng)一和普適的數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn),以確保數(shù)據(jù)的一致性和可比性。通過建立更加通用的生命科學(xué)數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn),能夠提高數(shù)據(jù)的質(zhì)量,使其更適合于人工智能算法的訓(xùn)練和分析。標(biāo)準(zhǔn)化不僅僅是技術(shù)問題,也需要政府、學(xué)術(shù)機(jī)構(gòu)、產(chǎn)業(yè)界的共同努力。相關(guān)方需要共同商定并制定一套適用于生命科學(xué)領(lǐng)域的數(shù)據(jù)標(biāo)準(zhǔn),確保其能夠貫穿整個數(shù)據(jù)采集、存儲、處理的全過程。此外,標(biāo)準(zhǔn)的建立需要周期性的更新,以適應(yīng)生命科學(xué)研究領(lǐng)域的快速變化。
注重算法透明度和可解釋性是確保科學(xué)家對算法的信任度的重要一環(huán)。在人工智能算法的應(yīng)用中,算法的透明度和可解釋性是當(dāng)前亟需解決的問題。建議科學(xué)家和工程師在設(shè)計和使用算法時,注重算法的透明性,確保其決策過程對科學(xué)家是可理解的。這將有助于建立科學(xué)家對算法結(jié)果的信任度,提高算法在生命科學(xué)研究中的應(yīng)用水平。為實現(xiàn)這一目標(biāo),可以通過開發(fā)更具可解釋性的算法、建立算法決策的可追溯性機(jī)制等方式,增加算法決策過程的可理解性。此外,有必要加強(qiáng)科學(xué)家對人工智能算法的培訓(xùn),使其能夠更好地理解和應(yīng)用這些算法,從而更好地指導(dǎo)研究方向。
強(qiáng)調(diào)隱私保護(hù)是在處理患者數(shù)據(jù)等敏感信息時需要著重考慮的問題。隨著生命科學(xué)研究數(shù)據(jù)的增加,尤其是涉及患者敏感信息的情況,隱私保護(hù)問題日益凸顯。建議在處理患者數(shù)據(jù)等敏感信息時,科學(xué)家和研究機(jī)構(gòu)應(yīng)遵循最高的倫理標(biāo)準(zhǔn)。在研究設(shè)計和實施中,應(yīng)充分考慮數(shù)據(jù)隱私,采取措施確保數(shù)據(jù)的安全性。為實現(xiàn)隱私保護(hù),需要建立明確的倫理準(zhǔn)則和法規(guī),規(guī)范生命科學(xué)研究中的數(shù)據(jù)處理行為。科學(xué)家需要明確知道如何處理和存儲患者信息,以及何時需要征得患者的同意。此外,倡導(dǎo)對患者信息進(jìn)行去標(biāo)識化處理,以最大程度降低隱私泄露的風(fēng)險。
再次,科研人員培訓(xùn)是塑造具備綜合素養(yǎng)新一代科學(xué)家的關(guān)鍵。為適應(yīng)人工智能驅(qū)動的生命科學(xué)研究,建議加強(qiáng)對科研人員的培訓(xùn),使其能夠更好地理解和使用人工智能技術(shù)。培訓(xùn)計劃應(yīng)該包括從基礎(chǔ)的計算機(jī)科學(xué)知識到人工智能算法的應(yīng)用,以確保科研人員具備全面的學(xué)科素養(yǎng)。培訓(xùn)計劃的設(shè)計應(yīng)根據(jù)科研人員的實際需求,注重實際操作和案例分析,使培訓(xùn)內(nèi)容更加貼合實際研究工作。除了現(xiàn)有科研人員的培訓(xùn),還需要在學(xué)術(shù)教育體系中加入相關(guān)的交叉學(xué)科課程,使培養(yǎng)的新一代科學(xué)家既具備生命科學(xué)知識,又能熟練運(yùn)用人工智能技術(shù)。